据《国民革命军战役史第五部》记载该战役国军阵亡2,437人，负伤3,700人。虽然伤亡比例依旧偏低，但是阵亡数字比先前翻了一番，伤亡合计达到,00人以上。

沉志华在书中同时认为除了伤亡外，还有一个被俘数字。据几个参战团当时电报汇报「一梯队三个团在登陆时各俘获国民党青年军数百至千馀俘虏。」因此伤亡,00人和这近3,000俘虏合计9,000人以上，解放军战史称歼灭国军9,000多人，根据中国人民解放军战场统计传统，所谓歼灭是指击毙、击伤、俘虏等使之丧失作战能力的合计数。

影响与评价的争议

自解放军南渡长江后，国军兵败如山倒。陈诚秉承蒋之意志，在金门、厦门危急时，使罗卓英冒越权之名，向第十二兵团调用第十八军，不以之运台澎，以履行保卫台湾之使命，而使之赴金门，以增援当地守军，此乃大将「顾大局，救他人」之风范。

当厦门失守后，迅以第十二兵团急援金门。

空军总司令周至柔除空中支援外，并无地面作战之责任，但鑑于金门、厦门危急，千里应援，迅以机场警卫部队，编成两师，加入第二十二兵团之第二十五军，戍守前线。

海军、空军密切协同，大力支援，实为迅速收功之要因，事实俱在，功不可没。

在金门，空军对彼岸解放军之压制，使解放军不能调集船隻，续行增援，抑且压制解放军砲火，使其无法射击。

海军总司令黎玉璽统率卓越，安定海域，使援军源源而来，且以猛烈火力，对胡璉有力支援，群策群力。

949年0月27日，古寧头战役获胜消息传到台北，蒋中正流了泪说：「这一仗我们全胜了……台湾安全了。」

蒋对此战给予高度评价：「古寧头大捷，不仅保住了金门，更保住了台湾。」

在0月27日「古寧头战役检讨会」，陈诚训词：

「此次金门大捷……造成东南军事胜利的开端，给国人一个失败心理的改变，总裁闻悉，异常高兴，特派我前来本岛，慰问全体将士，当胜利消息传到台湾时，正是台湾光復四週年的纪念日，本人正在参加开会，台南的火炬正要到达的时候，就接到汤总司令报捷电话，这个巧合，使台湾民眾闻讯之后，无不欢欣鼓舞，预兆着今后国家前途的光明。……」

李良荣曾在陈诚面前提出：

「此次金门保卫战胜利因素：

一、战斗前……情报确实，主任汤恩伯对……登陆地点判断正确，能够予以适当的措施，制胜敌人。

二、友军协同很好，不分彼此，加入战场，使有足够之兵力，发挥更大的效用。

三、十八军军长指挥有方。

四、战车力量大，动作迅速，也是致胜因素。

……」

李良荣还致词：「吾第十九军能及时来到」国军方面认为古寧头战役规模并不大，只是师级规模，但其深远影响却远非普通一场师级规模战斗可比。

蒋经国认为：「古寧头战役是国民党的转折点。」胡璉说：「古寧头战役的胜利既是军事上的，也是政治上的，更是精上的。」

国军认为因为解放军在古寧头战役惨败，加上月3日登步岛战役，使解放军对登陆战艰鉅有深刻瞭解，解放军积极加强建设海空力量，不像过去单靠陆军登陆作战。

东南军政长官陈诚谓之：「是共军渡江以来碰到的第一个大钉子。」而中华民国代总统李宗仁特以此捷，于重庆致电陈诚申贺，谓：

特急，台北陈长官辞修兄：

金门守军奋勇应战，予以重刽，捷报传来，人心振奋，吾兄董督有方，将士用命，至足佩慰。希即传令嘉奖，查明有功将士，呈报国防部，分别奖赏，并盼再接再厉，晋建殊勋，无任企望。

李宗仁

949年月3日，蒋在「敌我双方优势之分析」的训词中，曾说：

「此次金门保卫战的结果，对于来犯之匪万馀人，予以彻底的歼灭，不使有一人脱逃漏网，这是我们剿匪以来最大的一次胜利。」

其后，于950年4月，特别颁发团体荣誉旗，以奖参与此役特着功绩之第一一八师及第十八师。

鉴于古寧头战役惨败，在第四野战军发动海南岛战役前，毛泽东专门发电报要求四野向第三野战军调查渡海作战经验，以免重蹈金门覆辙。

解放军虽然很看重古寧头战役的失利教训，但并没有将其视为重要战役。中国人民解放军国防大学教授徐焰在其着作中，称金门战斗失利只是第二次国共内战末期一个小插曲，仅是暂时延缓解放军攻取东南沿海岛屿，并未影响全局。解放军多次检讨与总结，开始重视渡海作战特殊规律，再经过登步岛战役失利总结，解放军初步掌握渡海作战规律。

古寧头战役结束后，东南沿海岛屿被吸取经验的解放军逐步夺取或国军因战略理由撤退。

古寧头战役后半年，解放军随即攻佔海南岛。

之后相继攻佔相对简单的、万山群岛及955年的一江山岛。不过防御坚强的金门及其他岛屿始终无法越雷池一步。

战后发展

古寧头战史馆

此战役后，守第一线的二零一师回台湾整补，而胡璉之第十二兵团则于2月日奉命就地改为金门防卫司令部。汤恩伯代理总司令及李良荣兵团司令奉命赴台湾，第十八军军长高魁元一直做到陆军总司令、参谋总长、国防部长。

国军指挥官争论

由于在古寧头战役前夕，国军更动金门地区最高指挥官，由胡璉出任兵团司令官及福建省主席，接管金门防务。古寧头战役开打后第三天，胡璉始抵达金门赴新任，因此尔后发生了金门保卫战指挥权归谁的争论。主要的争论焦点在汤恩伯与胡璉，此外也有认为係第十八军长高魁元或第二十二兵团司令李良荣实际指挥者。

此外，传言汤恩伯聘请前日军将领根本博（化名为林保源）为顾问，一说他建议国军后撤让解放军上岸，然后破坏船隻阻止增援，从而加以围歼。

后续

被俘解放军，包括第二四四团团长兼政治委员