情报部门总负责人凤霏霏，对这次崇明岛被袭击事件负有领导责任和管理责任，对崇明岛情报组负有直接的管理责任，没有能够及时地提供有关玛莎国军队的最新动态和秘密行动，导致崇明岛受袭击。后果严重，经蓝羽军军部联席会议决定，给予其行政记大过处分，为期一年。
蓝羽军情报部门驻守崇明岛小组组长杨某某，对这次崇明岛被袭击事件负有直接的领导责任和管理责任。调查结果显示，潜伏玛莎国军队内部的蓝羽军情报员，已经将有关崇明岛可能会遭受玛莎国军队袭击的信息传递到他那里，但是被他判断为“开玩笑”，将相关情报归纳入“不可信”之列，直接造成了崇明岛受袭击事件地发生。蓝羽军军事法庭认为。其犯有玩忽职守罪，决定予以撤销职务，考虑到其个人思想道德并没有问题，只是由于判断能力不足而导致严重的后果，判处有期徒刑三年。并调回美尼斯地区重新接受培训。
蓝羽军海军海军陆战队副司令官兼海军陆战队第一团团长沈凌云，对这次崇明岛被袭击事件负有领导责任和管理责任。蓝羽军军部联席会议认为，沈凌云在部队的部署方面没有问题，其后的战斗指挥也没有问题，问题出现在警惕性不够高。同样存在麻痹大意的心理，没有时时提醒自己崇明岛乃是前线，随时会遭受玛莎国军队的攻击。过分注重吕宋岛的动静，反而没有注意到自身防务上的小漏洞，最后被玛莎国军队钻了空子。经蓝羽军军部联席会议决定，给予其行政记大过处分，为期九个月。
蓝羽军陆军崇明岛守备团团长杨世民，对这次崇明岛被袭击事件负有领导责任和管理责任。蓝羽军军部联席会议认为，作为蓝羽军主要的崇明岛守备部队，杨世民和他的部下同样地骄傲轻敌，麻痹大意。没有完全完善自身的防务，让玛莎国军队有机可乘，造成严重的后果。蓝羽军军部联席会议决定，给予其行政记大过处分，为期一年。
对于杨世民的处理，蓝羽军军部联席会议曾经产生了非常激烈的讨论，那就是他抽调帕隆地区两个连地兵力到澄海港支援后勤部门的这个决定。谁都知道，如果杨世民没有抽调帕隆地区的两个连兵力离开防守阵地，即使帕隆受到玛莎国军队的袭击，以蓝羽军一个满员的步兵营地兵力，至少可以抗击玛莎国军队等到蓝羽军援军的到来，以后崇明岛的一切状况就不会发生，因此有部分地蓝羽军高级领导认为，杨世民要为这个决定承担责任，即使杀头也不为过。
最后，杨夙枫和雨飞凡力排众议，觉得杨世民在没有任何资料表明崇明岛会遭受玛莎国军队袭击的情况下，抽调帕隆地区的兵力支援后勤，乃是当时环境下正常的也是正确的决定，是他正常的行使自己权力的表现，相反的，如果他抽调飞鹰岭和卧虎山的兵力支援后勤，后果会更加地严重。这次崇明岛受到袭击的后果的确很严重，但是不应该让杨世民和崇明岛守备团的官兵全部承担责任。
同时受到不同程度处分的还有其余三十六名蓝羽军军官，他们都在不同的程度上对这次崇明岛被袭击事件负有领导责任或者管理责任，其中包括好几名后勤部门的领导，他们存放物资过于凌乱，导致蓝羽军防守很被动，必须承担责任。
同时，蓝羽军也通报表扬了三百三十七名英勇作战的官兵名单，其中在帕隆地区全部战死的蓝羽军崇明岛守备团第三营第七连的全部官兵都榜上有名，杨夙枫亲自为他们书写了表彰命令，认为他们充分表现了蓝羽军战士宁死不屈的风骨，打出了蓝羽军的气势。在美尼斯地区，十四公主代表蓝羽军慰问了这些英勇的蓝羽军官兵的家属，并且为他们颁发了丰厚的抚恤金和烈士证书。
通报发出以后，蓝羽军内部引起强烈的反响，杨夙枫的书面自我批评，海军陆战队副司令官在内的高官都受到了公开的处分，极大的震动了蓝羽军各个层次，各级官兵普遍开展了自我批评运动，深挖自己内心的麻痹大意思想，共同努力将其杜绝。
通报发出以后，崇明岛受袭击事件的余波还没有停止。根据这次崇明岛受袭击事件的经验和教训，蓝羽军调整了部分机构和人员，以适应未来战争的需要。
鉴于凤霏霏领导的蓝羽军情报部门太过庞大，内部分工不明确的，常常出现眉毛胡子一把抓的现象，无法分清主次，而且已经出现效率低下和麻木不仁的状态，蓝羽军军部决定，成立新的军事情报局，专门负责军事情报的收集，由何斌担任第一任局长。军事情报局虽然在机构上隶属于情报部门，但是其局长直接向杨夙枫负责。
鉴于蓝羽军海军陆战队的规模不断扩大，承担的作战任务也越来越重，海军陆战队副司令官沈凌云已经不再适合继续兼任第一团的团长职务，否则工作太过繁重，影响工作质量。蓝羽军军部决定，由沈凌云组建独立的蓝羽军海军陆战队司令部，负责所有海军陆战队的所有事务，海军陆战队第一团的团长职务由辰宁接任。
有鉴于此，蓝羽军军部举一反三，决定同时撤销蓝羽军海军副司令官雨飞凡兼任的蓝羽军海军第一舰队司令官的职务，由雨飞凡负责组建蓝羽军海军司令部，负责蓝羽军海军的所有事务，蓝羽军海军第一舰队的司令官由扬帆接任。
空军虽然还没有正式成立，但是空军的先行官沈翔云也被杨夙枫授予了特殊的权力，提前组建空军司令部，负责空军的全体事务。同时，责令技术部门加紧内燃机技术的研究。
第二次崇明岛争夺战慢慢得落下了帷幕，这是一次战斗过程没有办法详细描述的战斗，但是它对双方的影响都是沉重而深远的，玛莎国以三万人的生命代价，如愿以偿的获得了一年的喘息时间，而蓝羽军，则通过这次事件，严肃的整顿了全军，狠狠地洗刷了各级指挥官的麻痹大意思想，并且更加合理的调整了人员机构，再次提升了蓝羽军的战斗力。
蓝羽军和玛莎国高层都明白，大战，将在明年再次展开。